La chiesa fu costruita sui resti di una rocca medievale e si segnala la sua esistenza già nel 1343; ampliata nella seconda metà del XV secolo, deve il suo aspetto attuale ad una radicale ristrutturazione avvenuta nella seconda metà del XIX secolo, che modificò addirittura l’ingresso con la costruzione di un’ampia scalinata. La chiesa oggi si presenta con una facciata neoclassica, sormontata ai lati da due torri campanarie con coperture piramidali. La chiesa fa parte del complesso edilizio comprendente l’ex Convento (oggi Ostello della Gioventù), che la avvolge su due lati. Al suo interno conserva una preziosa pala della Madonna della Misericordia, attribuita al pittore Pancrazio da Calvi (1440-1513 circa).
Nella Cripta della chiesa si accede dal transetto per godere un suggestivo gioiello architettonico di arte preromanica, decorato con affreschi votivi del Quattrocento. Fra questi “San Francesco in preghiera davanti ad una crocifissione”: testimonianza del miracolo del latte avvenuto a Magliano, che narra di un’anziana donna che grazie a San Francesco riesce ad allattare il nipote orfano della madre; un altro interessante affresco riguarda “Sant’Antonio Abbate”, sul quale è presente un graffito del re di Napoli Alfonso D’Aragona, transitato a Magliano il 20 dicembre 1447.

Ingresso accessibile in sedia a rotelle